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Mol Plant丨中国农业科学院做物科学研究所6044份水
- 分类： 农作物知识
- 作者：永利皇宫
- 来源：未知
- 发布时间：2025-03-19 09:41
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【概要描述】
2025年3月13日，中国农业科学院做物科学研究所水稻优异种质资本挖掘取立异操纵团队结合做质资本平安保留取消息化、做物生物消息取大数据团队正在Cell Press细胞出书社期刊颁发了题为“Large-scale genomic and phenomic analyses of modern cultivars empower future rice breeding design”的研究论文。连系五大稻区19个判定点212组表型数据，系统阐了然分歧稻区水稻品种基因组和表型选择特征，度了分歧稻区品种顺应性以及人文选择影响。基于以上数据，判定到3131个取抽穗期、产量以及顺境响应等环节农艺性状显著相关的QTL，并克隆到水稻粒形调控新基因。进一步连系已颁发数据，完成了近万份水稻资本/品种的高密度变异图谱的建立，并开辟正在线育种辅帮东西，打制了全球最大的水稻资本育种分析数据平台——RiceAtlas (，研究人员操纵该平台成功快速改良“绥粳4号”水稻粒形。该研究为水稻精准设想育种的智能决策供给主要的理论根据和数据支持，是继“3K水稻基因组打算”之后，全球水稻种质资本和育种研究的又一庞大飞跃。中国农业科学院做物科学研究所马小定副研究员、博士生王浩、闫燊帮理研究员、天津极智基因科技无限公司周川清为该论文配合第一做者，中国农业科学院做物科学研究所韩龙植研究员、方沩研究员、贺强研究员、天津极智基因科技无限公司荆鑫为论文配合通信做者。中国农业科学院做物科学研究所周文彬研究员、王文生研究员和大学陈永明研究员对该研究供给了主要指点和帮帮。做为我国60%以上生齿的从食，水稻育种对我国粮食平安至关主要。我国每年水稻种植面积跨越4亿亩，约占全球种植总面积的18%，贡献了全球28%的水稻产量。从北纬18°延长至北纬50°，我国水稻种植笼盖了热带、带、暖温带、温带以及寒温带等各类天气区，构成了各具特色的六洪流稻种植区。过去的几十年间，针对分歧生态区的差别和耕做轨制需要，水稻育种家通过持续的遗传改良，培育了成千上万个区域顺应性优秀品种，为水稻财产健康成长做出了凸起贡献。跟着市场需求升级和育种手艺改革，系统解析各稻区表型、基因型选择特征，挖掘开辟优异种质基因及其组合，对加快我国水稻精准设想育种成长至关主要。本研究中，研究团队采集和整合了来自中国华南、华中、西南、华北和东北等5个次要稻做生态区的6044份现代水稻品种的全基因组深度沉测序数据（5164份为本次测序，880份为该团队已颁发工做），建立了中国水稻现代栽培品种的高密度变异图谱，通过度析抽穗期、产量、生物和非生物、质量等主要性状相关基因等位变异和IBD，发觉了分歧稻区抽穗期等位基因劣势组合模式、主要性状有益等位基因频次差别，并识别出共有和的IBD区段。从群体遗传角度深切解析了中国水稻现代品种全体特征，以及各稻区基因组选择特征。发觉株型和某些非生物性状相关的有益等位基因频次正在粳稻种植区较高，稻米质量有益等位基因频次正在各个稻区均有堆集，抽穗期呈现最显著的地区顺应性分化，分歧稻区品种的遗传变异取稻区生态、耕做轨制和消费需求显著相关。本研究还进一步挖掘了大量分歧稻区遗传改良中的环节位点。研究团队结合中国水稻研究所、安徽省农业科学院、省农业科学院等9家全国水稻种质资本和育种研究劣势单元，正在全国19个生态判定点，对3600余份材料53个性状进行了2年表型精准判定，共获得212套高质量表型数据。通过进一步的全基因组联系关系阐发（GWAS），共判定到3000余个主要农艺性状QTL，并成功克隆和验证了调控粒型的新基因OsGL3。6。这些QTL为将来水稻功能基因挖掘以及精准设想育种供给了主要参考。此外，团队整合本研究的6044份、“水稻3k项目”的3010份以及“水稻育种项目”的404份水稻种质资本，建立了目前全球最大的水稻资本育种分析数据平台——RiceAtlas (。该平台不只供给了表型和基因型数据系统检索功能，并且供给了全基因组选择、育种亲本智能保举等设想育种模块。研究团队操纵RiceAtlas成功改良了“绥粳4号”的粒型，取保守方式比拟，正在遗传改良的速度和切确度方面有显著提拔。将来，该研究将为水稻精准设想育种的智能决策供给主要的理论根据和数据支持。该研究获得了国度沉点研发打算（2021YFD1200500）、农业生物育种国度科技严沉专项（2022ZD04017、2023ZD04076）、国度天然科学基金（32371996），以及中国农科院农业科技立异工程等项目赞帮。马小定，持久处置水稻种质资本操纵研究。近年来，结合全国水稻种质资本和育种研究劣势单元，开展水稻种质资本收集、判定评价和共享操纵。已完成6400份水稻种质资本的编目入库和1万余份资本的精准判定，建立了用于水稻全基因组选择的中国栽培稻群体数据集，并提出了配套的全基因组预测深度进修模子DeepCCR。
Mol Plant丨中国农业科学院做物科学研究所6044份水
【概要描述】7月23日，中国工程院院士、江苏省水稻产业技术体系首席专家，扬州大学张洪程教授莅临江苏永利皇宫农业科有限公司淮北试验站考察指导，江苏永利皇宫农业科技有限公司总经理夏中华研究员等陪同考察。
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2025年3月13日，中国农业科学院做物科学研究所水稻优异种质资本挖掘取立异操纵团队结合做质资本平安保留取消息化、做物生物消息取大数据团队正在Cell Press细胞出书社期刊颁发了题为“Large-scale genomic and phenomic analyses of modern cultivars empower future rice breeding design”的研究论文。连系五大稻区19个判定点212组表型数据，系统阐了然分歧稻区水稻品种基因组和表型选择特征，度了分歧稻区品种顺应性以及人文选择影响。基于以上数据，判定到3131个取抽穗期、产量以及顺境响应等环节农艺性状显著相关的QTL，并克隆到水稻粒形调控新基因。进一步连系已颁发数据，完成了近万份水稻资本/品种的高密度变异图谱的建立，并开辟正在线育种辅帮东西，打制了全球最大的水稻资本育种分析数据平台——RiceAtlas (，研究人员操纵该平台成功快速改良“绥粳4号”水稻粒形。该研究为水稻精准设想育种的智能决策供给主要的理论根据和数据支持，是继“3K水稻基因组打算”之后，全球水稻种质资本和育种研究的又一庞大飞跃。中国农业科学院做物科学研究所马小定副研究员、博士生王浩、闫燊帮理研究员、天津极智基因科技无限公司周川清为该论文配合第一做者，中国农业科学院做物科学研究所韩龙植研究员、方沩研究员、贺强研究员、天津极智基因科技无限公司荆鑫为论文配合通信做者。中国农业科学院做物科学研究所周文彬研究员、王文生研究员和大学陈永明研究员对该研究供给了主要指点和帮帮。做为我国60%以上生齿的从食，水稻育种对我国粮食平安至关主要。我国每年水稻种植面积跨越4亿亩，约占全球种植总面积的18%，贡献了全球28%的水稻产量。从北纬18°延长至北纬50°，我国水稻种植笼盖了热带、带、暖温带、温带以及寒温带等各类天气区，构成了各具特色的六洪流稻种植区。过去的几十年间，针对分歧生态区的差别和耕做轨制需要，水稻育种家通过持续的遗传改良，培育了成千上万个区域顺应性优秀品种，为水稻财产健康成长做出了凸起贡献。跟着市场需求升级和育种手艺改革，系统解析各稻区表型、基因型选择特征，挖掘开辟优异种质基因及其组合，对加快我国水稻精准设想育种成长至关主要。本研究中，研究团队采集和整合了来自中国华南、华中、西南、华北和东北等5个次要稻做生态区的6044份现代水稻品种的全基因组深度沉测序数据（5164份为本次测序，880份为该团队已颁发工做），建立了中国水稻现代栽培品种的高密度变异图谱，通过度析抽穗期、产量、生物和非生物、质量等主要性状相关基因等位变异和IBD，发觉了分歧稻区抽穗期等位基因劣势组合模式、主要性状有益等位基因频次差别，并识别出共有和的IBD区段。从群体遗传角度深切解析了中国水稻现代品种全体特征，以及各稻区基因组选择特征。发觉株型和某些非生物性状相关的有益等位基因频次正在粳稻种植区较高，稻米质量有益等位基因频次正在各个稻区均有堆集，抽穗期呈现最显著的地区顺应性分化，分歧稻区品种的遗传变异取稻区生态、耕做轨制和消费需求显著相关。本研究还进一步挖掘了大量分歧稻区遗传改良中的环节位点。研究团队结合中国水稻研究所、安徽省农业科学院、省农业科学院等9家全国水稻种质资本和育种研究劣势单元，正在全国19个生态判定点，对3600余份材料53个性状进行了2年表型精准判定，共获得212套高质量表型数据。通过进一步的全基因组联系关系阐发（GWAS），共判定到3000余个主要农艺性状QTL，并成功克隆和验证了调控粒型的新基因OsGL3。6。这些QTL为将来水稻功能基因挖掘以及精准设想育种供给了主要参考。此外，团队整合本研究的6044份、“水稻3k项目”的3010份以及“水稻育种项目”的404份水稻种质资本，建立了目前全球最大的水稻资本育种分析数据平台——RiceAtlas (。该平台不只供给了表型和基因型数据系统检索功能，并且供给了全基因组选择、育种亲本智能保举等设想育种模块。研究团队操纵RiceAtlas成功改良了“绥粳4号”的粒型，取保守方式比拟，正在遗传改良的速度和切确度方面有显著提拔。将来，该研究将为水稻精准设想育种的智能决策供给主要的理论根据和数据支持。该研究获得了国度沉点研发打算（2021YFD1200500）、农业生物育种国度科技严沉专项（2022ZD04017、2023ZD04076）、国度天然科学基金（32371996），以及中国农科院农业科技立异工程等项目赞帮。马小定，持久处置水稻种质资本操纵研究。近年来，结合全国水稻种质资本和育种研究劣势单元，开展水稻种质资本收集、判定评价和共享操纵。已完成6400份水稻种质资本的编目入库和1万余份资本的精准判定，建立了用于水稻全基因组选择的中国栽培稻群体数据集，并提出了配套的全基因组预测深度进修模子DeepCCR。
